Η Μήλος καταλήφθηκε το 1207 από τον Μάρκο Σανούδο και συμπεριλήφθηκε στο Δουκάτο της Νάξου. Κατά τον G. Rizzardo το 1470 το νησί είχε 2.500 κατοίκους. Το 1537 υπήχθη στην Οθωμανική Αυτοκρατορία μαζί με το υπόλοιπα νησιά του Δουκάτου. Η Μήλος, με την ανοχή ή και τη συνενοχή των κατοίκων της, έγινε κατά τον 17ο αιώνα άντρο πειρατών που νέμονταν το Αιγαίο. Η ανάμειξη των ευπόρων Μηλίων στις ναυτιλιακές και εμπορικές δραστηριότητες προσέλκυσε στο νησί ναυτικούς, ναυπηγούς αλλά και εργάτες. Λόγω της ακμής του νησιού, το 1600 η Μήλος προήχθη σε αρχιεπισκοπή από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως και χτίστηκαν πολλές νέες εκκλησίες. Μετά την κατάληψη των Χανίων από τους Οθωμανούς το 1654, εγκαταστάθηκε στο νησί και ο κρητικός ζωγράφος Εμμανουήλ Σκορδίλης. Σε οθωμανικό κατάστιχο του 1670, καταγράφονται στη Μήλο 736 εστίες. Το νησί διοικούσε βοεβόδας που διόριζε η Υψηλή Πύλη, και τρεις επίτροποι (προεστοί), τους οποίους εξέλεγαν κάθε χρόνο οι κάτοικοι. Το νησί εξήγε σιτάρι, κρασί, θειάφι, στυπτηρία και αλάτι. Το 1677, ο πειρατής Τζώρτζης Καψής υποκίνησε εξέγερση κατά των προυχόντων της Μήλου και εκδίωξε τον αρχιεπίσκοπο από το νησί. Μετά από τρία χρόνια όμως συνελήφθη από τους Οθωμανούς και απαγχονίστηκε στην Κωνσταντινούπολη. Λόγω της καταστολής της πειρατείας, στις αρχές του 18ου αιώνα η Μήλος άρχισε να παρακμάζει. Γύρω στα 1720 μια επιδημία πανώλης προκάλεσε τον θάνατο 9.000 κατοίκων, σύμφωνα με τον J. Steward, έτσι ο πληθυσμός μειώθηκε σημαντικά και το 1807 είχε περιοριστεί σε 2.000 άτομα. Το 1767 η πρωτεύουσα του νησιού μεταφέρθηκε από τη Ζεφύρια στο Κάστρο λόγω αναθυμιάσεων που δημιουργούσαν ανθυγιεινό περιβάλλον διαβίωσης. Η Μήλος συμμετείχε στην Επανάσταση του 1821 και προσέφερε αρκετούς πιλότους στον ελληνικό στόλο.
Ενδεικτική Βιβλιογραφία
Μηλιαράκης Αντώνιος, Κυκλαδικά: ήτοι γεωγραφία και ιστορία των Κυκλαδικών νήσων από των αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι της καταλήψεως αυτών υπό των Φράγκων, Τύποις Ελληνικής Ανεξαρτησίας εν Αθήναις 1874.
Χατζιδάκης Ι., Η ιστορία της νήσου Μήλου, επαν. Αθήνα 1972 (α΄ έκδ. Αθήνα 1927).
Βάος Ζ., Ναοί και ναϋδρια της Μήλου, Αθήνα 1964.
Kolodny E. Y., La population des îles de la Grèce. Essai de géographie insulaire en Méditerranée Orientale, 3 τόμοι, Aix-en-Provence 1974.
Λεντάκης Α., Η καταστροφή της Μήλου τον ΙΗ΄ αιώνα, Αθήνα 1974.
Slot B. J., Archipelagus Turbatus. Les Cyclades entre colonisation latine et occupation ottomane, c. 1500-1718, τ. 1-2, Βρυξέλες 1982.
Λεντάκης Α., «Το αρχοντολόι της Μήλου και τα οικόσημά του», π. Μηλιακά, 1 (1983), σ. 227-427.
Ασδραχάς Σπ. Ι., «Το ελληνικό Αρχιπέλαγος μία διάσπαρτη πόλη», Χάρτες και χαρτογράφοι του Αιγαίου Πελάγους, Αθήνα 1985, σ. 235-248.
Μπελαβίλας Ν., Λιμάνια και οικισμοί στο Αρχιπέλαγος της πειρατείας, 15ος-19ος αι., Αθήνα 1997.
Δημητρόπουλος Δημήτρης, Μαρτυρίες για τον Πληθυσμό των Νησιών του Αιγαίου, 15ος-Αρχές 19ου αιώνα, Τετράδια Εργασίας 27, ΙΝΕ-ΕΙΕ, Αθήνα 2004.