Ο πρίγκιπας του Μωρέως Γουλιέλμος Βιλλαρδουίνος ίδρυσε το κάστρο του Μυζηθρά (Μυστρά) το 1249. Το όνομα της πόλης προέρχεται μάλλον από κάποιον ιδιοκτήτη της περιοχής. Το 1262 ο Βιλλαρδουΐνος αιχμάλωτος μετά τη μάχη της Πελαγονίας αναγκάστηκε να παραχωρήσει το κάστρο στους Βυζαντινούς ως λύτρα για την απελευθέρωσή του. Η πόλη έγινε έδρα των βυζαντινών κτήσεων της Πελοποννήσου, οι οποίες αρχικά, μέχρι το 1348, διοικούνταν από στρατηγό, και στη συνέχεια από μέλος της αυτοκρατορικής οικογένειας που έφερε τον τίτλο του Δεσπότη.
Δεν γνωρίζουμε αν η περιοχή ήταν κατοικημένη νωρίτερα, πάντως χρησιμοποιήθηκε οικοδομικό υλικό από τη Σπάρτη, τη μεσαιωνική Λακεδαιμονία. Ο αρχικός περιτοιχισμένος οικισμός οικοδομήθηκε γύρω από το κάστρο και κοντά στο παλάτι. Σύντομα οι κάτοικοι της Σπάρτης άρχισαν να μετοικούν στο Μυστρά, ο οποίος παρείχε μεγαλύτερη προστασία από τις επιδρομές. Στα μέσα του 13ου αιώνα και ο μητροπολίτης Λακεδαίμονος μετακόμισε στον τειχισμένο οικισμό. Όταν οι κατοικίες επεκτάθηκαν έξω από τον αρχικό τειχισμένο περίβολο οικοδομήθηκε ένα δεύτερο τείχος που κάλυπτε τη νέα συνοικία. Η πόλη διακρινόταν έτσι στην Πάνω και την Κάτω Χώρα, οι οποίες τον δέκατο πέμπτο αιώνα κάλυπταν όλη την πλαγιά του βουνού του Μυζηθρά. Στην αντίπερα όχθη του ποταμού χτίστηκε μια ακόμη συνοικία, στην οποία κατά την οθωμανική περίοδο κατοικούσαν οι Εβραίοι. Ενδείξεις της πνευματικής ακμής της πόλης κατά τον δέκατο τέταρτο και δέκατο πέμπτο αιώνα αποτελούν οι σωζόμενες εκκλησίες οι οποίες περιέχουν σημαντικά δείγματα της ύστερης βυζαντινής μνημειακής ζωγραφικής.
Σταδιακά το Δεσποτάτο του Μυστρά επεκτάθηκε σε όλη την Πελοπόννησο. Ο τελευταίος αυτοκράτορας του Βυζαντίου Κωνσταντίνος Παλαιολόγος στέφθηκε στη μητρόπολη του Μυστρά τον Άγιο Δημήτριο το 1449, πριν αναχωρήσει για την Κωνσταντινούπολη. Ο αδελφός του Δημήτριος, ο οποίος μοιραζόταν τη διοίκηση της Πελοποννήσου με τον άλλο αδελφό του Θωμά, παρέδωσε το Μυστρά στο σουλτάνο Μεχμέτ Β΄ το 1460. Το 1687 κατέλαβαν την πόλη οι Βενετοί και τη διατήρησαν ως το 1715. Η πόλη ήκμασε κατα την περίοδο της βενετικής διοίκησης και ήταν γνωστή ως κέντρο σηροτροφίας. Ο πληθυσμός της έφτανε τους 42.000 κατοίκους. Η πόλη κάηκε, το 1770, από τους Αλβανούς κατά τα Ορλωφικά και, το 1825, από τον Ιμπραήμ πασά. Μετά την ίδρυση του Ελληνικού Κράτους, οι κάτοικοι μετοίκησαν στο Νέο Μυστρά στην πεδιάδα και στη νέα πόλη της Σπάρτης.
Ο Μυστράς στα κείμενα των περιηγητών
Ο Κυριάκος από την Αγκώνα ήταν ο πρώτος περιηγητής που επισκέφθηκε το Μυστρά το 1447, πριν την κατάκτηση της Πελοποννήσου από τους Οθωμανούς. Περιέγραψε μάλιστα στο κείμενό του τα ερείπια της αρχαίας Σπάρτης τα οποία επισκέφτηκε. Μετά τον δέκατο έβδομο αιώνα περιηγητές όπως ο Guillet και αργότερα ο Pouqueville διέδωσαν την άποψη ότι ο Μυστράς βρισκόταν στη θέση της αρχαίας Σπάρτης. Αντίθετα ο Spon, ο Leroi, ο Fourmont και ο Chateaubriand και ο Gell είχαν επίγνωση ότι ο Μυστράς δεν ταυτίζεται με την αρχαία Σπάρτη. Οι αναφορές των περιηγητών, και ιδιαίτερα του Gell ενέπνευσαν την περιγραφή του Γκαίτε του Μυστρά ως χώρου όπου συναντά η Ελένη τον Φάουστ. Η ταξιδιωτική γραμματεία αποτέλεσε έτσι αφορμή για να αναδειχθεί η μεσαιωνική πολιτεία στην περίοδο που την λατρεία προς την αρχαιότητα του κλασικισμού διαδέχτηκε το ενδιαφέρον για το Μεσαίωνα που καλλιέργησαν οι Ρομαντικοί ποιητές.
