Από το 1317 η Αίγινα ήταν υπό την κυριαρχία του καταλανικού οίκου των Καοπένα. Το 1451 όταν ο ηγεμόνας Αντωνέλλο Β’ πέθανε άκληρος το νησί πέρασε στην κυριαρχία της Βενετίας. Το νησί κυβερνούσαν ρέκτορες οι οποίοι λογοδοτούσαν στον Βενετό διοικητή του Ναυπλίου. Οι Βενετοί ενίσχυσαν τις οχυρώσεις της πρωτεύουσας του νησιού Παλαιόχωρας για να μπορούν να αντέξουν στις επιθέσεις των Οθωμανών. Το 1502 όμως ο Κεμάλ-Ρεΐς κατέλαβε και λεηλάτησε την Παλαιόχωρα. Οι κάτοικοι της Αίγινας στις αρχές του 16ου αιώνα δεν ήταν ικανοποιημένοι από τη βενετική διοίκηση. Το 1513 μάλιστα έστειλαν αναφορά στη Βενετική Γερουσία παραπονούμενοι για τις καταχρήσεις του ρέκτορα. Το 1537 ο Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσσα μετά από τετραήμερη πολιορκία κατέλαβε την Παλαιόχωρα και την κατέστρεψε. Όσοι κάτοικοι δεν σκοτώθηκαν πουλήθηκαν δούλοι. Η πρωτεύουσα ανοικοδομήθηκε το 1540 όταν η Βενετία παραχώρησε το νησί στην Οθωμανική Αυτοκρατορία.

Το 1654 κατά τη διάρκεια του Βενετοτουρκικού Πολέμου ο ναύαρχος Φραγκίσκος Μοροζίνι κατέλαβε την Παλαιόχωρα, την λεηλάτησε, γκρέμισε τις οχυρώσεις και πήρε 300 Χριστιανούς και 40 Μουσουλμάνους αιχμαλώτους. Οι Βενετοί χρησιμοποίησαν το νησί ως βάση του στόλους τους και το παρέδωσαν στους Οθωμανούς μόνο μετά το τέλος του πολέμου. Το 1687 με τη Συνθήκη του Κάρλοβιτς οι Οθωμανοί παραχώρησαν το νησί στους Βενετούς μαζί με την Πελοπόννησο. Ο Μοροζίνι επισκεύασε τότε το αρχαίο λιμάνι στη θέση της σημερινής πρωτεύουσας και έχτισε ένα μεγάλο πύργο στον Μώλο, το Μπούρτζι. Πολλοί κάτοικοι της Αττικής τότε εγκαταστάθηκαν στην Αίγινα και το νησί γνώρισε μια περίοδο ακμής. Όταν το 1715 η Βενετία επέστρεψε το νησί στους Οθωμανούς οι κάτοικοι εγκατέλειψαν τον συνοικισμό του λιμανιού και επέστρεψαν στην Παλαιόχωρα. Το νησί στα επόμενα χρόνια υπέφερε από πειρατικές επιδρομές, οι οποίες είχαν ως αποτέλεσμα τη μείωση του πληθυσμού. Το 1770 κατά τα Ορλωφικά κατέλαβε το νησί ο ρωσικός στόλος αλλά αποχώρησε δυο χρόνια αργότερα μετά την υπογραφή ανακωχής.

Το νησί γνώρισε μια περίοδο ηρεμίας στις αρχές του 19ου αιώνα και τότε άρχισε να συνοικίζεται πάλι η θέση της σύγχρονης πρωτεύουσας. Το 1811 μέλη της βρετανικής εταιρείας των αρχαιόφιλων Dilettanti έκαναν ανασκαφές στο Ιερό της Αφαίας και συναποκόμισαν τα γλυπτά του αετώματος τα οποία αγόρασε ο βασιλιάς της Βαυαρίας Λουδοβίκος Α’ πατέρας του μετέπειτα βασιλιά της Ελλάδας Όθωνα. Σήμερα τα γλυπτά βρίσκονται στη Γλυπτοθήκη του Μονάχου. Οι Αιγινήτες συμμετείχαν με επικεφαλής τον Σπυρίδωνα Μάρκελλο και τον Γεώργιο Λογιωτατίδη στην Επανάσταση του 1821 και βοήθησαν στην πολιορκία του φρουρίου του Ακροκορίνθου. Το νησί εξάλλου αποτέλεσε, κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης, καταφύγιο προσφύγων από την Αθήνα, τη Χίο, τα Ψαρά και το Αϊβαλί, η παρουσία των οποίων δημιούργησε έντονα προβλήματα στέγης και επισιτισμού. Η Αίγινα διετέλεσε για ένα διάστημα έδρα της ελληνικής διοίκησης στα πρώτα χρόνια της διακυβέρνησης του Ιωάννη Καποδίστρια. Τότε ιδρύθηκε εκεί το Ορφανοτροφείο, το Νομισματοκοπείο, το Εθνικό Τυπογραφείο και το Μουσείο. Το 1829 η πρωτεύουσα μεταφέρθηκε στο Ναύπλιο. Μετά την ανεξαρτησία της Ελλάδας αναπτύχθηκε η καλλιέργεια των φυστικιών τα οποία αποτέλεσαν το κύριο προϊόν του νησιού.

Ενδεικτική Βιβλιογραφία

• Κωνσταντινόπουλος Χρήστος, Η Αίγινα στα χρόνια του Καποδίστρια, Αθήνα 1968.