Μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204, ο Βενετός Μάρκος Σανούδος κατέλαβε τη Νάξο και αναγορεύθηκε Δούκας της Νάξου και του Αρχιπελάγους από τον Ερρίκο της Φλάνδρας, τον Λατίνο αυτοκράτορα της Ρωμανίας. Η ηγεμονία του περιελάμβανε τις νήσους Πάρο, Αντίπαρο, Κύθνο, Σίφνο, Κίμωλο, Μήλο, Φολέγανδρο, Ίο και Σαντορίνη. Το 1537 ο Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα επέδραμε στη Νάξο και ο εικοστός δούκας Ιωάννης Κρίσπος δήλωσε υποταγή στον Οθωμανό Σουλτάνο. Τότε επανήλθε στο νησί ο μητροπολίτης Παροναξίας, που είχε εκδιωχθεί μετά την ίδρυση του δουκάτου. Όταν πέθανε ο Ιωάννης Κρίσπος, τον διαδέχθηκε στον θρόνο ο γιος του Ιάκωβος. Μετά από εξέγερση των κατοίκων της Νάξου, ο Σουλτάνος καθαίρεσε τον Ιάκωβο και διόρισε δούκα της Νάξου τον Εβραίο Ιωσήφ Νάζη, ο οποίος διόρισε τοποτηρητή του στο νησί τον Ισπανό Φραγκίσκο Κορονέλλο. Μετά το θάνατό του Νάζη, η Νάξος έγινε επίσημα οθωμανική κτήση και διοικούνταν από βοεβόδα, που διόριζε η Υψηλή Πύλη, και έξι συνδίκους (προεστούς) από τον πληθυσμό του νησιού. Στην οθωμανική περίοδο άρχισε να συγκροτείται μια αστική τάξη, τόσο στη Νάξο όσο και στα υπόλοιπα νησιά των Κυκλάδων. Οι παλιοί ευγενείς και γαιοκτήμονες των νησιών άρχισαν να επενδύουν τα κεφάλαιά τους στο εμπόριο ενώ παράλληλα άρχισαν να αποκτούν πλούτο οι ναυτικοί και οι παλιοί δουλοπάροικοι που σταδιακά αγόραζαν τα κτήματα που καλλιεργούσαν.
Το 1675 και το 1678 η Νάξος λεηλατήθηκε από τον Γάλλο πειρατή Ούγκο ντε Κρεβελιέρ με τη συνεργασία και Μανιατών πειρατών. Από τα μέσα του 18ου αιώνα, Ναξιώτες αμπελουργοί και βαρελάδες αρχίζουν να μεταναστεύουν στη Σμύρνη. Το νησί καταλήφθηκε το 1770 από τον ρωσικό στόλο και επανήλθε το 1774 στην οθωμανική διοίκηση. Το 1826, ο ναύαρχος του αυστριακού στόλου μαρκήσιος Pauluzzi κατέλαβε τη Νάξο επειδή οι κάτοικοι του νησιού, μαζί με Κρητικούς και Κάσιους, είχαν επιτεθεί σε αυστριακά εμπορικά πλοία.
Το 1470, σύμφωνα με τον G. Rizzardo, ο πληθυσμός της Νάξου ανερχόταν σε 5.000 άτομα. Ένα αιώνα αργότερα, ο Ιωάννης Δ΄ δούκας του Aρχιπελάγους ανέφερε ότι το νησί είχε 10.000 Oρθόδοξους και 500 Kαθολικούς κατοίκους. Η οθωμανική απογραφή του 1670 κατέγραψε 1.307 εστίες (hane) στη Νάξο ενώ εκατό χρόνια αργότερα, το 1773, κατά τον Pasch van Krienen, ο πληθυσμός ανερχόταν σε 10.000, από τους οποίους 300 ήταν Kαθολικοί. Αντίθετα, ο M.-G.-F.-A. Choiseul-Gouffier υπολόγιζε τον πληθυσμό της Νάξου σε 6.000 κατοίκους, από τους οποίους το ένα πέμπτο ήταν Kαθολικοί. Μετά ελληνική επανάσταση, ο Ludwig Ross υπολόγισε τον πληθυσμό της Νάξου σε 11.000 άτομα.
Το νησί είχε αναπτυγμένη κτηνοτροφία, εξήγε επίσης λάδι, εσπεριδοειδή και λάβδανο ενώ από την αρχαιότητα γινόταν εξόρυξη σμύριδας (Ναξίας γης).
Ενδεικτική Βιβλιογραφία
• Μηλιαράκης Αντώνιος, Κυκλαδικά: ήτοι γεωγραφία και ιστορία των Κυκλαδικών νήσων από των αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι της καταλήψεως αυτών υπό των Φράγκων, Τύποις Ελληνικής Ανεξαρτησίας εν Αθήναις 1874.
• Sauger Robert, Ιστορία των αρχαίων Δουκών και των λοιπών ηγεμόνων του Αιγαίου Πελάγους: Μετά περιγραφής των κυριωτέρων νήσων και των αξιολογωτέρων μνημείων αυτών / Γαλλιστί μεν συγγραφείσα κατά το 1698 υπό του Ιησουΐτου P. Sauger, μεταφρασθείσα δε υπό Αλεξάνδρου Μ. Καράλη, Εν Ερμουπόλει Σύρου Τύποις Πατρίδος, 1878.
• Dugit E., De insula Naxos, Παρίσι 1867.
• Ζερλέντης Π., Φεουδαλική πολιτεία εν τη νήσω Νάξω, Ερμούπολη 1925.
• Kolodny E. Y., La population des îles de la Grèce. Essai de géographie insulaire en Méditerranée Orientale, 3 τόμοι, Aix-en-Provence 1974.
• Slot B. J., Archipelagus Turbatus. Les Cyclades entre colonisation latine et occupation ottomane, c. 1500-1718, τ. 1-2, Βρυξέλες 1982.
• Ασδραχάς Σπ. Ι., «Το ελληνικό Αρχιπέλαγος μία διάσπαρτη πόλη», Χάρτες και χαρτογράφοι του Αιγαίου Πελάγους, Αθήνα 1985, σ. 235-248.
• Μπελαβίλας Ν., Λιμάνια και οικισμοί στο Αρχιπέλαγος της πειρατείας, 15ος-19ος αι., Αθήνα 1997.
• Κάσδαγλη Αγλαΐα, Land and marriage settlements in the Aegean. A case study of seventeenth-century Naxos, Βενετία 1999.
• Κωτσάκης Θ., Η Νάξος κατά την Ενετοκρατία, Αθήνα 2001.
• Δημητρόπουλος Δημήτρης, Μαρτυρίες για τον Πληθυσμό των Νησιών του Αιγαίου, 15ος-Αρχές 19ου αιώνα, Τετράδια Εργασίας 27, IΝΕ-ΕΙΕ Αθήνα 2004.