Το Ρέθυμνο μέχρι τις αρχές του 14ου αιώνα ήταν μια μικρή ασήμαντη πόλη. Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους (1204), καταλήφθηκε, το 1210, από τους Βενετούς. Το 1307 έγινε η έδρα μιας από της υποδιοικήσεις του βενετικού Βασιλείου της Κρήτης, και από την περίοδο αυτή άρχισε να ακμάζει.
Το 1538 η περιοχή του Ρεθύμνου λεηλατήθηκε από τον Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα και το 1562 από τον πειρατή Ολούτζ Αλή. Το 1571, μετά την κατάληψη της Κύπρου, οθωμανικές δυνάμεις αποβιβάστηκαν στη Σούδα, κατέλαβαν το Ρέθυμνο και το κατέστρεψαν. Οι Βενετοί στα τέλη του 16ου αιώνα ενίσχυσαν τις οχυρώσεις της πόλης και του φρουρίου, γνωστού ως Φορτέτζα, και προσέθεσαν καρδιόσχημους προμαχώνες για να αντιμετωπίσουν την ευρεία χρήση πυροβολικού. Οι κάτοικοι αρνήθηκαν να μετοικήσουν στο εσωτερικό των τειχών της Φορτέτζας αλλά εγκαταστάθηκαν εκεί οι πολιτικές και οι στρατιωτικές αρχές και οικοδομήθηκε ο καθεδρικός ναός του Αγίου Νικολάου. Ο πολεοδομικός ιστός της πόλης οργανώθηκε γύρω από την κεντρική πλατεία στην οποία βρίσκονταν η Λότζια (λέσχη των ευγενών), η κρήνη Rimondi και το μεγάλο Ωρολόγιο. Από την πλατεία ξεκινούσε η Μεγάλη Οδός (Ruga Grande) και οι δρόμοι προς το Ηράκλειο και τα Χανιά. Την πόλη κοσμούσαν σημαντικοί ναοί, όπως η εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου, της Κυρίας των Αγγέλων και της μονής των Αυγουστινιανών. Το Ρέθυμνο αναδείχθηκε σε ένα από τα σημαντικότερα κέντρα της Κρητικής Αναγέννησης και στην πόλη λειτουργούσε η ακαδημία των Vivi.
Το 1645 οι οθωμανικές δυνάμεις, αφού εκπόρθησαν τις οχυρώσεις τις πόλης, ανάγκασαν τη φρουρά που είχε καταφύγει στην ακρόπολη να συνθηκολογήσει. Αν και οι κάτοικοι πήραν εγγυήσεις για τον σεβασμό των δικαιωμάτων τους, η πλειονότητα εγκατέλειψε το Ρέθυμνο. Η πόλη συνέχισε εντούτοις να αποτελεί σημαντικό οικονομικό κέντρο. Οι Οθωμανοί μετέτρεψαν τους περισσότερους ναούς της πόλης σε τεμένη και οικοδόμησαν τον φάρο και τις αποθήκες του λιμανιού. Σύμφωνα με τον Γάλλο υποπρόξενο στο Ηράκλειο, το 1723 το Ρέθυμνο είχε ετήσια παραγωγή πέντε με έξι χιλιάδες οκάδες μεταξιού ενώ από το λιμάνι του εξαγόταν επίσης, κυρίως στη Μασσαλία, λάδι το οποίο προοριζόταν για την παραγωγή σαπουνιού. Κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης, δυνάμεις υπό τον Γάλλο φιλέλληνα Βαλέστ πολιόρκησαν το φρούριο αλλά αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν όταν οι πολιορκημένοι δέχθηκαν ενισχύσεις από τη θάλασσα. Οι Οθωμανοί προέβησαν σε σφαγές των χριστιανών κατοίκων της πόλης. Οι Ρεθυμνιώτες υπέφεραν και στις επόμενες επαναστάσεις κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα. Στη διάρκεια της επανάστασης του 1866 έγινε το ολοκαύτωμα της μονής του Αρκαδίου ανατολικά του Ρεθύμνου. Μετά την ανακήρυξη της Κρητικής Πολιτείας η πόλη άρχισε να αλλάζει όψη. Το 1913 το Ρέθυμνο προσαρτήθηκε στην Ελλάδα.
Ενδεικτική Βιβλιογραφία
Ξανθουδίδης Στέφανος, Επίτομος ιστορία της Κρήτης : από των αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι των καθ' ημάς. Μετά 30 εικόνων εντός του κειμένου και ενός χάρτου της Κρήτης, Ελληνική Εκδοτική Εταιρεία, εν Αθήναις 1909.
Ξανθουδίδης Στέφανος, Η Ενετοκρατία εν Κρήτη και οι κατά των Ενετών αγώνες των Κρητών, Texte und Forschungen zur byzantinisch-neugriechischen Philologie, Nr. 34, Byzantinisch-Neugriechischen Jahrbücher, Αθήνα 1939.
Καλλιβρετάκης Λεωνίδας, «Η Κρήτη 1829-1869, Μεταξύ δύο επαναστάσεων», Ιστορία του Νέου Ελληνισμού, 1770-2000, τ. 4, Αθήνα, Ελληνικά Γράμματα, 2003, σελ. 373-388.
Καλλιβρετάκης Λεωνίδας, «Κρήτη 1871-1913, Το τέλος της Οθωμανικής κυριαρχίας», Ιστορία του Νέου Ελληνισμού, 1770-2000, τ. 5, Αθήνα, Ελληνικά Γράμματα, 2003, σελ. 327-342.